学术体系形成时期汉代以后，中国兽医学在前阶段发展的基础上逐渐形成体系。晋代名医葛洪在其所著《肘后备急方》中提出治六畜诸病方，其中有关于马驴十几种病的疗法，如用黄丹术治“脊疮”，用灸熨术治“马羯骨胀”,用“直肠入手”技术治“胞转”,并指出疥癣有虫等。北魏贾思勰所著《齐民要术》一书中的畜牧兽医专卷,载有家畜26种疾病的48种疗法,其中掏结术、削蹄法(治漏蹄)、猪羊的阉割术以及关于家畜群发病的防治隔离措施等，反映了当时的兽医技术已达到较高水平。此后，兽医学专著大量涌现。先是有问世于梁代的《伯乐疗马经》。至隋代，关于畜病的诊治、方药及针灸等已均有专著。如《隋书·经籍志》就记载有《疗马方》一卷、《伯乐治马杂病经》一卷、《俞极撰·治马经》三卷、《治马经图》二卷、《马经孔穴图》一卷、《杂撰马经》一卷以及《治马牛驼骡等经》三卷及目一卷等。
中国的兽医教育始于唐代。唐神龙年间太仆寺中设有“兽医六百人，兽医博士四人，学生一百人”。唐贞元时，日本兽医平仲国等到中国留学。约在唐开成年间编著的《司牧安骥集》，对于中国兽医学的理论及诊疗技术有比较系统的论述，也是中国最早的一部兽医教科书。为保障畜牧业的发展，唐代还制定了有关畜牧兽医的法规，如唐律规定“诸乘官畜产，而脊破领穿、疮三寸，笞二十”，以及“……伤重五日内死者，从杀罪”等。唐高宗时颁布的《新修本草》，收载药物844种,可称是中国古代较完备的一部人畜通用药典。唐代少数民族地区的兽医学也有很大发展，如西藏有《论马宝珠》和《医马论》等著作，新疆出现《牛医方》等。
宋、元时期，中国兽医又有进一步的创新和提高。宋代曾设置“收养上下监，以养疗京城诸坊、监病马”；并规定“凡收养病马……,取病浅者送上监,深者送下监，分十槽医疗之”，这是中国兽医院的开端。以后又规定将有“耗失”的病马送“皮剥所”。“皮剥所”可说是中国最早的家畜尸体剖检机构。宋代还出现了中国最早的兽医药房，如元《文献通考》载有“宋之群牧司有药蜜库……，掌受糖蜜药物，以供马医之用”。当时由于印刷术的改进和造纸业的发达，兽医著作也更为繁荣。见载于《宋史·艺文志》的就有《安骥集》、《贾□兽医经》、《明堂灸马经》、《相马病经》、《疗驼经》、《师旷禽经》等。此外，王愈撰《蕃牧纂验方》，载方57个，并附针法。至元代，兽医卞宝（卞管勾）著有《痊骥通玄论》，其中“三十九论”、“四十六说”，对于家畜脏腑病理及一些常见多发病（尤其是结症及跛行等）的诊疗，进行总结性的论述。
衰落时期宋、元以后，中国兽医学由盛极而趋衰落。但明代在兽医教育和兽医学著作方面还有所建树。明政府曾几次培训基层兽医，如英宗时(1438)规定“每群长（管马25匹，以后增为50匹）下，选聪明子弟二、三人学习兽医，看治马病”。著名兽医喻本元、喻本亨编著的《元亨疗马集》，理法方药俱备，内容丰富多彩，是国内外流传最广的一部中兽医学代表著作。此外，有关马、牛疾病的医书也出现过不少。明代李时珍编著的《本草纲目》，不但为人医，也为兽医提供了极其丰富的医药知识。至清代，兽医学的发展就极为缓慢。虽有著述，但主要是对《元亨疗马集》一书进行的改编、选辑和充实，如1736年李玉书曾对《元亨疗马集》进行了增删，1800年傅述风进一步补充了《元亨疗马集》所附《牛经》中的不足等。鸦片战争以后，民间对中国传统兽医技术仍有所整理和总结，如李南晖（号青峰）编著的《活兽慈舟》一书(1873)对黄牛、水牛、猪、马、羊、犬、猫等家畜的 240种病症均有论述，并收载方剂（包括单方）700多个;《猪经大全》(1891)有48种猪病的疗法，并附病状图，后成为传统兽医学中唯一被保存下来的猪病学专著等。但总的说来，随着中国社会的半封建、半殖民地化，兽医学的发展陷入了困境，传统兽医学尤其受到歧视而甚少进展。
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