生理性病害又称非侵染性病害。在食用菌菌丝和子实体的生长发育过程中，由于不良的环境条件，如物理、化学因素的刺激，使正常的生长发育受阻，产生各种异常现象，导致减产和品质下降。
一、菌丝徒长
有些食用菌，如双孢蘑菇、香菇、平菇、金针菇等常出现菌丝徒长现象，表现为菌丝持续生长，密集成团，结成菌块或组成白色菌皮，难以形成子实体。
主要原因：一是由于栽培管理不当，如出菇室高温，通风不良，CO2浓度过高等均不利于子实体分化，引起菌丝徒长；二是培养料中含氮量偏高，菌丝进行大量营养生长，不能扭结出菇。
防治方法：培养料不应过熟、过湿；栽培过程中要加强管理，加强菇棚通风，降低CO2浓度，适当降温降湿，以抑制菌丝生长，促进子实体形成；选择适宜配方，并及时划破或挑去菌皮，多喷水并加大通风以促进原基形成。
二、菌丝萎缩
在食用菌栽培过程中，有时会出现菌丝、菇蕾、甚至子实体停止生长，逐渐萎缩、变干，最后死亡的现象。
主要原因 ：一是培养料配制或堆积发酵不当，造成营养缺乏或营养不合理；二是培养料湿度过大，引起缺氧，或培养料湿度过小；三是高温烧菌引起菌丝萎缩；四是虫害，覆土和培养料都能带入害虫，当虫口密度大时，会造成严重危害，使菌丝萎缩死亡。
防治方法：选用长势旺盛的菌种；严格配制和发酵培养料，对覆土进行消毒；合理调节培养料含水量和空气相对湿度，加强通风换气；发菌过程中，尤其是生料栽培时，要严防堆内高温。
三、子实体畸形
在双孢蘑菇、平菇、香菇、灵芝等的栽培过程中，常常出现子实体形状不规则，如柄长盖小，子实体歪斜，或原基分化不好，形成菜花状、珊瑚状或鹿角状的畸形子实体。
主要原因：出菇室通风不良，CO2浓度过高，光线不足，温度偏高；覆土颗粒太大，出菇部位低；机械损伤；病毒危害或农药中毒等均能导致子实体畸形。
防治方法：针对上述原因，创造最适宜子实体生长发育的环境条件。
四、死菇
指在无病虫害情况下，子实体变黄、萎缩、停止生长，最后死亡的现象。
主要原因：出菇过密，营养不足；出菇室持续高温高湿，通风不良，氧气不足；覆土层缺水，幼菇无法生长；采菇或其它管理操作不慎，造成机械损伤；或者使用农药不当，产生药害等均可引起子实体死亡。
防治方法：根据上述原因，采取相应措施，如改善环境条件，正确使用农药等。
五、着色病
幼菇菌盖局部或全部变为黄色、焦黄色或淡蓝色，子实体生长受到抑制，随着继续生长表现为畸形，如菌盖皱缩上翘，严重影响商品质量。
主要原因
一是低温季节使用煤炉直接升温时，菇棚内CO浓度较高，子实体中毒而变色，菌盖变蓝后不易恢复；
二是质量不好的塑料棚膜中会有某些不明结构和成份的化学物质，被冷凝水析出后滴落在子实体上，往往以菌盖变为焦黄色居多；
三是覆土材料中或喷雾器中的药物残留及外界某些有害气体的侵入等，也可导致该病发生。
防治方法：根据具体情况，找出病因并采取相应措施；生产过程中，不可乱用农药。
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